TCDB注释结果说明

结果简介

TCDB，全称是 Transporter Classification Database，转运蛋白分类数据库，是生物化学和分子生物学国际联盟（IUBMB）批准用于 膜转运蛋白，包括离子通道（ion channels）的分类系统（TC system）。该分类系统被设计成类似于酶分类的 EC 号系统，不同之处在于 它混合了功能的和系统发育的信，提供了 TC 编号、信息和超过 600 个转运蛋白家族的实例数据。转移系统以 5 个级别进行分类， 每个级别都对应于 TC 编号里的一个字母或数字，每个字母或数字都代表一个特定类型的转运蛋白。 TC 编号（TC#）通常包含 5 部分，每部分是一个字母或数字，分别以点分割，例如“V.W.X.Y.Z”。从左到右分类级别依次递增，V 是数字，代表 TC system 的第一级，也是最高级；W 是字母，代表 TC system 的第二级；X 是数字，代表 TC system 的第三级，对应于 转运蛋白家族分类信息；Y 是数字，代表 TC system 的第四级，对应于转运蛋白子家族；Z 是数字，代表 TC system 的第五级。可参考 http://www.tcdb.org/browse.php 的说明。

使用 Diamond 软件，把目标物种的氨基酸序列，与 TCDB 数据库进行比对，把目标物种的基因和其相对应的功能注释信息结合起来， 得到注释结果。由于每一条序列比对结果可能超过一条，为保证其生物意义，注释时保留一条最优比对结果作为该基因的注释。最后ᨀ 供的 Diamond 结果为 M8 格式，同时还提供部分数据库的注释结果汇总。

如无特殊说明，以下内容中的“*”代表目标物种的样品名

目录结构

TCDB/ ├──*.TCDB.anno.tsv【TCDB结果注释文件】 ├──*.TCDB.family.catalog.tsv【TCDB 三级家族分类统计列表】 ├──*.TCDB.m8.txt 【 TCDB 数据库进行 BLAST 比对结果】 ├──*.TCDB.sumInfo.txt【 TCDB 一级分类统计列表】 ├── tcdb_summed_up_summary.pdf【TCDB 一级分类统计图】 └── tcdb_summed_up_summary.png【TCDB 一级分类统计图】

格式说明

*.TCDB.anno.tsv-TCDB结果注释文件

制表符分割的文本文档，使用 excel 打开。

文件内容举例如下：

*.TCDB.family.catalog.tsv-TCDB 三级家族分类统计列表

制表符分割的文本文档，使用 excel 打开。

文件内容举例如下：

文件说明如下：

*.TCDB.m8.txt- TCDB 数据库进行 BLAST 比对结果

m8 格式,使用 excel 打开。

m8 格式详细说明见【4 常用格式】中【4.1 m8 文件】部分。

*.TCDB.sumInfo.txt- TCDB 一级分类统计列表

制表符分割的文本文档，使用 excel 打开。

分别统计 TCDB 一级分类的基因注释情况。文件内容举例如下

文件内容说明如下：

tcdb_summed_up_summary.pdf-TCDB 一级分类统计图

图片展示内容与*.png 一样。

tcdb_summed_up_summary.png-TCDB 一级分类统计图

PNG 格式，用图片浏览器打开。

对应*.TCDB.sumInfo.txt文件。

图片示例如下：

常用格式

m8 文件

格式为列表格式的 BLAST/ Diamond 比对结果。

m8 格式举例如下：

文件内容说明如下：