SV结果说明
结果简介
SV 是结构变异（Structural Variation）的缩写，是指在基因组中发生的较大、较复杂的结构性变异，通常包括插入、删除、倒位和复制等类型。SV 与单核苷酸多态性（Single Nucleotide Polymorphism, SNP）相比，其变异的区域更大，更容易对基因功能和表达产生影响.细菌 SV 结果是对比两个或多个细菌基因组的差异分析结果，可以用于研究不同菌株之间的差异、进化关系、毒力和耐药性等方面。
如无特殊说明，以下内容中的“*”代表目标物种的样品名
目录结构
SV
├── *.fna*genomes.txt[中间文件] ├── **.sv.dot.png【SV点图，相关解释见共线性分析】 ├── * *.sv.dot.svg【SV点图，相关解释见共线性分析】 ├── **.sv.out【SV结果文件】 ├── **.sv.png【SV结果文件图】 ├── *_*.sv.summary[SV类型汇总] └── **.sv.vcf【SV结果文件VCF格式】
格式说明
*_*.sv.out-SV结果文件
制表符分割的文本文档，使用 excel 打开。文件内容实例如下：
文件各列内容说明如下：
| 列编号 | 说明 |
|---|---|
| 1 | 参考基因组中的染色体ID |
| 2 | 参考基因组中的起始位置（基于1，包括起始位置） |
| 3 | 参考基因组中的终止位置（基于1，包括终止位置） |
| 4 | 参考序列（仅适用于SNP和indel） |
| 5 | 查询序列（仅适用于SNP和indel） |
| 6 | 查询中染色体ID |
| 7 | 查询中的起始位置（基于1，包括起始位置） |
| 8 | 查询中的终止位置（基于1，包括终止位置） |
| 9 | 唯一ID（注释类型+编号） |
| 10 | 父ID（注释类型+编号） |
| 11 | 注释类型 |
| 12 | 拷贝状态（用于复制） |
在这里，注释类型可以具有以下含义：
| 注释类型 | 含义 | 注释类型 | 含义 |
|---|---|---|---|
| SYN | 同源区域 | SYNAL | 同源区域内的比对 |
| INV | 翻转区域 | INVAL | 翻转区域内的比对 |
| TRANS | 转位区域 | TRANSAL | 转位区域内的比对 |
| INVTR | 翻转转位区域 | INVTRAL | 翻转转位区域内的比对 |
| DUP | 重复区域 | DUPAL | 重复区域内的比对 |
| INVDP | 翻转重复区域 | INVDPAL | 翻转重复区域内的比对 |
| NOTAL | 未比对区域 | SNP | 单核苷酸多态性 |
| CPG | 查询中的拷贝增加 | CPL | 查询中的拷贝减少 |
| HDR | 高度分化的区域 | TDM | 串联重复 |
| INS | 查询中的插入 | DEL | 查询中的删除 |
*_*.sv.summary-SV类型汇总
类型汇总，tsv打开方式。使用 excel 打开。
**.sv.vcf-SV结果文件VCF格式
SV结果文件信息已转换为 VCF (v4.3) 文件格式。然而，由于 VCF 基于参考基因组位置，我们不会在 VCF 文件中输出查询基因组中未对齐的区域，因为不可能将它们写入参考基因组中的位置上下文中。
*_*.sv.png-SV结果文件图
可以很直白的看出参考基因组和查询基因组序列的变异情况。