CAZy注释结果说明

结果简介

CAZy 全称为 Carbohydrate-Active enZYmes Database，碳水化合物酶相关的专业数据库，内容包括能催化碳水化合物降解、修饰、 以及生物合成的相关酶系家族。其包含五个主要分类：糖苷水解酶（Glycoside Hydrolases, GHs）、糖基转移酶（GlycosylTransferases, GTs）、 多糖裂解酶（Polysaccharide Lyases, PLs）、糖酯酶（Carbohydrate Esterases, CEs）和氧化还原酶（Auxiliary Activities, AAs）。此外，还包 含与碳水化合物结合结构域（Carbohydrate-Binding Modules， CBMs）。

五大分类和一个结构域下，都分别建立了多个 Family。 使用 Diamond 软件，把目标物种的氨基酸序列，与 CAZy 数据库进行比对，把目标物种的基因和其相对应的功能注释信息结合起来， 得到注释结果。由于每一条序列比对结果可能超过一条，为保证其生物意义，注释时保留一条最优比对结果作为该基因的注释。

如无特殊说明，以下内容中的“*”代表目标物种的样品名。

目录结构

CAZy ├── *.CAZy.class.stat.txt 【CAZy 数据库注释的结果文件】 ├── *.CAZy.m8.txt 【CAZy 数据库进行 BLAST 比对结果 m8 格式】 ├── *.CAZy.sumInfo.txt 【CAZy 数据库六大分类统计结果】 ├── cazy_summed_up_summary.pdf 【CAZy 数据库六大分类统计图，PDF 格式】 └──cazy_summed_up_summary.png 【CAZy 数据库六大分类统计图，PNG 格式】

格式说明

*.CAZy.class.stat.txt–CAZy 数据库注释的结果文件

用制表符分割的文本文档，用 excel 打开。

文件列出了目标物种的氨基酸序列注释上的所有 CAZy 数据库的 Family 编号，统计了注释上这些 Family 的基因个数和基因的 ID

文件内容实例如下：

文件内容说明如下：

*.cazy.filter.m8 –CAZy 数据库进行 BLAST 比对结果 m8 格式，

使用 excel 打开。

m8 格式详细说明见【4 常用格式】中【4.1 m8 文件】部分。

*.CAZy.sumInfo.txt–CAZy 数据库六大分类统计结果

制表符分割的文本文档，使用 excel 打开。

文件内容举例如下：

文件内容说明如下：

cazy_summed_up_summary.pdf -CAZy 数据库六大分类统计图

图片展示内容与cazy_summed_up_summary.png 一致。

cazy_summed_up_summary.png -CAZy 数据库六大分类统计图

PNG 格式，用图片浏览器打开。

图片示例如下：

常用格式

m8 文件

格式为列表格式的 BLAST/ Diamond 比对结果。

m8 格式举例如下：

文件内容说明如下：