该文件夹下包含三个部分，抗菌素耐药性 (AMR)、转座子 (Tn) 和整合子 (In) 分析结果。由于是通过bacant管道进行分析的。故以此命名。
细菌中的转座子（Transposons，Tn）是一种广泛存在于细菌基因组中的自主转移的遗传元素，它们能够在基因组中移动并插入到新的位置。细菌转座子通常由一个转座酶和一个或多个选择性标记基因组成。转座酶使其能够在基因组中切除和插入DNA，而选择性标记基因则提供了对转座子插入点的选择性。
细菌整合子（Integrons，In）是一种广泛存在于细菌中的基因组元件，它们能够捕获、保存和表达多个外源基因。整合子通常由一个整合酶基因和一个或多个耐药基因组成，整合酶能够将外源基因插入到整合子中的可变区域中，并使其能够在基因组中稳定地存在和表达。
细菌整合子是细菌基因组变异和进化的一个重要驱动力。整合子的插入和表达可以导致细菌对抗生素和其他环境压力的适应性改变。此外，整合子还可以在不同的细菌之间传递，并且可以通过水平基因转移等机制在不同的细菌中传播。
整合子可以分为多种类型，如类I、类II和类III整合子。其中，类I整合子是最常见的类型，它们通常由整合酶和一个或多个耐药基因组成。类II整合子则通常由整合酶、耐药基因和一个反转录酶基因组成。类III整合子则由一个整合酶和多个编码蛋白的基因组成，这些蛋白可以通过不同的机制影响细菌的生长和适应性。
| filename | description |
|---|---|
| *.gb | GENBANK format annotation |
| AMR.tsv | filtered resistance annotation |
| AMR.possible.tsv | all possible resistance annotation |
| replicon.tsv | replicon annotation |
| integron.filter.tsv | most like integron |
| integron.detail.tsv | integron_finder result,detail descripton of integron structure |
| transposon.filter.tsv | transposon element after overlap screen |
| transposon.possible.tsv | all possible transposon element |
| annotation.html | output visualization |
由于这个软件管道结果只是依赖数据库进行查找，数据库的结果对其影响很大，故这个结果只作参考。