次级代谢基因簇在线分析结果文件说明结果简介 目录结构格式说明 *.antismash.bed – 次级代谢基因簇bed格式结果*.antismash.tsv– 次级代谢基因簇列表*.cluster.stat.png – 次级代谢基因簇及相应基因的数量统计图*.cluster.stat.tsv – 次级代谢基因簇及基因数量统计clusterblast*all.svg – 与已知基因簇比对结果展示图常用格式 bed格式
次级代谢基因簇在线分析结果文件说明
结果简介
次级代谢产物是微生物在一定的生长时期，以初级代谢产物为前体合成的对微生物的生命活动无明确功能，并非生长繁殖所必需的物质。大多是分子结构比较复杂的化合物。其中聚酮类化合物，非核糖体肽类化合物是药物合成的重要原料，如红霉素，四环素等就属 于聚酮类化合物，而多肽类抗生素如：短杆菌肽，环孢霉素等属于非核糖体肽类，这两类化合物分别由聚酮合酶（PKS），非核糖体肽合成酶（NRPS）介导完成的，目前两种酶的机制研究的较为全面。
PKS 可分为三种类型：I 型也成为模块类 PKS，是由多个结构域组成的多功能酶复合物。II 型也成为芳香类 PKS，主要合成芳香类 化合物。III 型也成查尔酮型 PKS。次级代谢基因簇使用 antiSMASH程序对基因组上的基因进行已知次级代谢基因簇的预测。
如无特殊说明，以下内容中的“*”代表目标物种的样品名。
目录结构
antismash/ ├── *.antismash.bed 【次级代谢基因簇bed格式结果】 ├── *.antismash.tsv 【次级代谢基因簇列表】 ├── *.cluster.stat.png 【次级代谢基因簇及相应基因的数量统计图，PNG格式】 ├── *.cluster.stat.tsv 【次级代谢基因簇及基因数量统计】 └── svg 【与已知基因簇比对结果展示图】 └── clusterblast*all.svg 【“*”代表基因簇数字编号】
格式说明
*.antismash.bed – 次级代谢基因簇bed格式结果
见常见格式。
*.antismash.tsv– 次级代谢基因簇列表
制表符分割的文本文档，使用 excel 打开。 文件内容举例如下：
| 列数 | 列标题 | 说明 |
|---|---|---|
| 1 | contig | 目标物种的氨基酸序列的 ID，编号的有效字符有[a-zA-Z0-9.:^x!+_?-] |
| 2 | start | 开始位置 |
| 3 | end | 结束位置 |
| 4 | region_name | 区域 |
| 5 | Type | 类型 |
| 6 | product | 产物 |
| 7 | Most similar known cluster | 基因簇类型 |
| 8 | known_cluster_type | 基因簇名称 |
| 9 | Similarity | 相似性 |
| 10 | genes_in_cluster | 基因列表 |
*.cluster.stat.png – 次级代谢基因簇及相应基因的数量统计图
*.cluster.stat.tsv – 次级代谢基因簇及基因数量统计
制表符分割的文本文档，使用 excel 打开。
文件内容举例如下：
文件内容说明如下：
| 列数 | 列标题 | 说明 |
|---|---|---|
| 1 | known_cluster_type | 基因簇名称 |
| 2 | gene_num | 基因簇数量 |
| 3 | cluster_num | 基因簇中含有的基因数量 |
clusterblast*all.svg – 与已知基因簇比对结果展示图
SVG 格式文件，SVG 是一种用 XML 定义的语言，用来描述二维矢量及矢量/栅格图形。有多种打开方法和软件，例如使用软件 Ink scape 打开或使用浏览器打开（需要安装插件，最常用的 SVG 插件是 Adobe 公司的 Adobe SVG Viewer，下载地址：http://www.adobe.com/svg/viewer/install/main.html）。
此图片展示了目标物种的基因簇与前 10 个已知物种的基因簇的比对情况。
注意：此结果只在antismash运行模式为full-featured才有此文件。
图片示例如下
图中红色框区域代表的是目标物种的基因簇，蓝色框区域代表的是已知物种的基因簇。
常用格式
bed格式
BED (Browser Extensible Data)格式文件就是通过规定行的内容来展示注释信息。
BED文件每行至少包括chrom，chromStart，chromEnd三列；另外还可以添加额外的9列，这些列的顺序是固定的。
在自定义BED文件时，前面可以有注释行，以“browser”或“track”开头，可以设置一些参数便于浏览器更好展示BED文件信息。但是，下游的一些分析工具，例如bedToBigBed，是不接受有注释的BED文件的。