KEGG注释结果说明结果简介 目录结构格式说明 *.kegg.txt – KEGG 注释结果按分类汇总*.png - GO 分类统计图 *.pdf - KEGG 分类统计图，pdf格式*kegg.anno.txt -KEGG 注释结果*.kegg.catalog.txt-KEGG按照分类汇总基因结果*.kegg.ko.txt-KEGG按照分类汇总KO结果*_map-网页图，KEGG通路和KO结果
KEGG注释结果说明
结果简介
KEGG 全称为 Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes，1995 年由 Kanehisa Laboratories 推出 0.1 版，目前发展为一个综合性数据 库，其中最核心的为 KEGG PATHWAY 数据库。该数据库将生物通路划分为八大类，每一大类下还有细分，每一类均标示上与之相关的 基因，同时以图形的方式展示出来。通过该数据库注释，可以方便地寻找与行使某一类功能相关的所有注释上的基因。
使用emapper注释工具,将细菌基因组prokka注释结果中的.faa文件的基因蛋白序列作为query查询序列,到eggnog蛋白数据库做比对搜索,获得KEGG_Pathway_map_id注释信息,用R语言做分类统计。
目录结构
KEGG
├── *kegg.anno.txt 【KEGG 注释结果】 ├──*.kegg.catalog.txt 【KEGG按照分类汇总基因结果】 ├──*.kegg.ko.txt【KEGG按照分类汇总KO结果】 ├──*.kegg.txt 【KEGG 注释结果按分类汇总】 ├──*_map │ ├──*KEGG_Map.html【网页图，KEGG通路和KO结果】 │ └── src 【网页所需资源】 │ ├── base.css | └──* .png ├── *.pdf 【KEGG 分类统计图，pdf格式】 └── *.png 【KEGG分类统计图】
格式说明
*.kegg.txt – KEGG 注释结果按分类汇总
用制表符分割的文本文档，用 excel 打开。
主要展示基因的 KEGG 注释结果，按分类汇总，示例如下图：
文件内容说明如下
| 行数 | 说明 |
|---|---|
| 1 | KEGG 二级分类 |
| 2 | 相应功能上的基因数目 |
*.png - GO 分类统计图
PNG 格式，用图片浏览器打开。
图片示例如下：
图中右边为图例，给出对应样品注释上的一级分类，纵坐标为注释到的KEGG pathway，横坐标为注释的基因个数。
*.pdf - KEGG 分类统计图，pdf格式
图片展示内容与*.png 一样。
*kegg.anno.txt -KEGG 注释结果
用制表符分割的文本文档，用 excel 打开。
主要展示基因的 KEGG 注释结果，示例如下图：
示例文件说明：
| 列数 | 列名 | 说明 |
|---|---|---|
| 1 | query_name | 基因组序列名 |
| 2 | Ko_name | 匹配上的Ko名字 |
| 3 | KEGG_Pathway | KEGG 通路ID，注意这里的ko与map等价，如ko03018，map03018其实指的是同一通路 |
| 4 | KEGG_ko | kegg ko号， |
| 5 | EC | kegg EC名 |
| 6 | Ko_DEC | kEGG ko详细描述 |
| 7 | level3_name:level2_name:level1_name | KEGG通路所属的三级分类（三级分类：二级分类：一级分类），不同通路以“;”相分割 |
*.kegg.catalog.txt-KEGG按照分类汇总基因结果
用制表符分割的文本文档，用 excel 打开。
主要展示基因的 KEGG 注释结果汇总基因结果，示例如下图：
示例文件说明：
| 列数 | 列名 | 说明 |
|---|---|---|
| 1 | level3_id | KEGG 通路ID，注意这里的ko与map等价，如ko03018，map03018其实指的是同一通路 |
| 2 | num_query_name | 基因组序列个数 |
| 3 | all_query_name | 基因组序列名 |
| 4 | level3 | KEGG 通路ID所属三级分类 |
| 5 | level2 | KEGG 通路ID所属二级分类 |
| 6 | level1 | KEGG 通路ID所属一级分类 |
*.kegg.ko.txt-KEGG按照分类汇总KO结果
用制表符分割的文本文档，用 excel 打开。
主要展示基因的 KEGG 注释结果按照分类汇总KO结果，示例如下图：
文件说明如下：
| 列数 | 列名 | 说明 |
|---|---|---|
| 1 | level3_id | KEGG 通路ID，注意这里的ko与map等价，如ko03018，map03018其实指的是同一通路 |
| 2 | num_query_name | 基因组序列个数 |
| 3 | all_query_name | 匹配到的KO名 |
| 4 | level3 | KEGG 通路ID所属三级分类 |
| 5 | level2 | KEGG 通路ID所属二级分类 |
| 6 | level1 | KEGG 通路ID所属一级分类 |
*_map-网页图，KEGG通路和KO结果
与*.kegg.ko.txt结果相对应，可以查看到相关通路图。示例如下：
注意：与*.kegg.ko.txt可能会缺少某些通路图，这是由于KEGG更新导致的。